在阿姆贡河对岸的特林地方；在黑龙江下游立吾者野人乞列迷等处诸军万户府，治所在阿纽依河与黑龙江汇合处的哈儿分地方；在今乌苏里江流域设阿速古儿（乌苏里江古名）千户所；在今俄罗斯境内滨海地区置有鲸海（今日本海）、木答哈、牙兰千户所。
元朝统治者通过上述机构和职官，在女真地区征收赋税、签军应役、发布禁令等，实施全面政治统治。元朝向女真征收的赋税是实物，有粮食、布匹、各种野兽皮张和海东青等。不过由于诸支女真人所从事的主要生产不一，故缴纳的实物也各有侧重。蒙古贵族在女真人中签军应役，主要在元朝建立前后。首见于中统四年（1263年）。是年，元王朝命亦里不花在“女直、水达达及乞列宾地合签镇守军”3000人，调归塔匣来领之。
元朝在女真地区发布过的禁令，有屠杀之禁、酒禁、弓矢（捕猎）之禁、出产金银禁。这些禁令极大多数是为防止女真反抗而发布的。这不仅反映在这些禁令都发布在元初，随着元王朝统治在全国的巩固先后解除，尤能说明这一实质的是后两项禁令。因为狩猎和生产金银本是正常的社会生产，狩猎还是女真人解决衣食之需的传统社会生产部门，所以诏令禁止，显然是因这两种生产与“强兵”和制造兵器有密切联系。