失所，饿殍相枕。太祖至苏南，巡行属县，亲履阡陌，核田亩，清版籍。遇豪强抗法，太祖执法如山，尽还田于民。流民闻之，襁负来归，讴歌满道。未几，白莲妖贼起，聚众数万，连陷数县，寇逼苏南。县吏皆惶惧，欲弃城走。太祖曰：“苏南为东南襟要，控带江海，若失之，则贼势张，两浙危矣。今虽兵寡，若戮力同心，整饬守备，破贼必矣。”遂集县卒，得三百余人，复募流民壮勇者千余人。太祖亲教阵法，申号令，严纪律，督士卒日夜演武，军容顿改。及贼至，太祖擐甲先登，率众迎击。先设疑兵惑贼，使莫测虚实；复遣奇兵夜袭粮道，焚其刍粮。贼众大溃，太祖乘势掩击，斩首数千级，余寇奔窜。太祖追亡逐北，尽复失土，苏南以宁。白莲之乱由是不得逞于两浙，时人皆颂太祖功，谓其“以数千之众破数万之寇，保东南半壁”。
元熙七年冬，杨溥以太祖功绩卓异，亲荐于朝。灵帝素闻其名，召对于便殿，问以治道。太祖对曰：“治国之道，在得民心。民心之要，在安民生。今海内荡析，流移载途，当轻徭薄赋，劝课农桑，兴庠序之教，使民有恒产恒心，则天下自定。若赋敛苛暴，吏治贪残，民不聊生，则祸乱必作。”帝闻其言切直，色颇不怿，默然良久，乃曰：“卿言虽善，然书生之见，未谙时务。姑授国子监经学博士，以观后效。”太祖至国学，见诸生多浮华之士，不务实用，专尚空谈。乃革颓风，倡实学，尤重算数。太祖所授算学，精微玄奥，勾股方程天元之术，时人谓“超前代数百年”。复开“格物”之学，教诸生“穷理致知，实事求是”，推究万物之理，若天文、地理、格致、化学之属。国学风气为之一新，诸生竞趋实学，英才蔚起。
时皇子赵轩留心庶政，忧勤国事，闻太祖名，延入府中。二人论天下大势，自昼达夕，恨相见晚，引为知己。轩曰：“今四方蜂起，国步艰危，烽燧相望，生灵涂炭。吾欲平戡，恨无良将，如之奈何？”太祖曰：“殿下睿圣，若能任贤使能，信赏必罚，开忠谠之路，远谗佞之人，则天下不足平也。今之寇乱，多起民困，若能抚循流移，蠲免苛敛，则寇盗自消。”轩深以为然，遂引为股肱，凡军国机务，皆与咨议。
未几，两浙乱愈烈，贼首刘异僭号“佛主”，聚众十余万，据临安，攻掠州郡，势甚猖獗。灵帝命皇子南征，轩请太祖同行。太祖以参军从征。至两浙外围宁国，贼连营数十里，旌旗蔽空，钲鼓动地。官军屡战不利，伤亡甚众，军心摇荡。轩与太祖密议于帐中，轩曰：“今贼势方炽，我军新挫，士气低迷，若无良策，恐
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