澉浦之战后，也有少量的元军战船往北逃窜，却不料在长江口又遇见一支霹雳军舰队，这支舰队乃是夏大根所率的东海舰队。东海舰队规模比南海舰队稍小，只有五十余艘主力战舰，但轻护舰和梭镖鱼等小型战船数量却超过南海舰队。在接到乐全安大败蒙元水师主力的情报后，早已整装待发的东海舰队从台北启航了，目标直指扼守长江航道的焦山。就在不久前，元军统帅阿术率真阿塔海、张弘范等将领，在此大破张世杰所率的数万宋军水师。正是在此战中，元军击破了宋军最后一丝自信。自此之后，原本以水师为傲的宋军，也不敢在水上与元军正面交战了。
焦山地于长江航道与大运河十字交汇处，往北可通过瓜洲到达扬州，并北上两淮；往南可经镇江沿运河直达临安；向西不远处便是真州，溯水而上可直抵建康府。焦山高居江边，地形易守难攻，但面积不大，元军驻兵数量不过五百人。为了封锁江面，元军又在周边新筑了大量防御设施，并架设了投石机、弩炮和火炮。董文炳率蒙元水师主力南下后，阿术从上游调来不少兵力，又命降将夏贵派来二千精锐水军和二百艘战船。加上原有的守军，焦山周边的元军数量已达二万余人，包括二千蒙古骑兵、五千蒙古汉军，主力是新投降不久的宋军，其中水军占了一半。
夏大根曾是霹雳军最年经的水军排长，对水战并不陌生。虚心好学加上聪明过人，让他在受命统帅东海舰队之后，迅速进入了角色。作为开创流求事业的五人联席会议成员之一，他在海军系统也有着广泛的人脉。跟随在欧阳轩身边的几年时间内，培养了他平易近人的作风和远阔的视野，在短短时间内便让上下折服。与欧阳轩一样，夏大根也喜欢与基层官兵打成一片，不仅参加日常训练，也时常与官兵交心谈心。久而久之，舰队官兵皆亲切称呼这名年青的舰队司令为大根哥，虽然他的年龄并不大，甚至比大部分士兵的年龄都小。
自海入江后，夏大根采纳了舰队参谋部的建议，派人将江面上的船只远远驱离。话说宋元两军已早已将两岸的民用船只搜刮大半，剩下的早已躲藏起来，那里敢在江面上活动。现在江上活动的民船，要么与元军有千丝万缕的关系，要么干脆就是元军战船。霹雳军之所以这样做，并不是防止元军侦察，而是防止元军伪装成渔船、商船等民用船，靠近后发动突然袭击。霹雳军战舰再坚固，也无法经受敌人的火战船和爆破船的攻击。话说东海舰队此次出动的大小战舰也有三百余艘，加上后续送输陆战团的运输船，浩浩荡荡绵延数十里，根本就无法避开
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