顺治二年十二月，黄道周带着这支“锄头军”向江西进军。清军将领见他们穿着破烂，拿着农具，哈哈大笑：“这也叫军队？”可就是这支军队，在江西婺源跟清军血战了三天三夜。黄道周骑着马，手里拿着剑，带头冲锋，嘴里喊着“抗清复明，死而无憾”，农民们跟着他冲上去，用锄头砸清军的头盔，用镰刀割清军的马腿。
可农民军终究打不过训练有素的八旗铁骑。第三天傍晚，黄道周的兵马被清军包围，一万多人战死了八千多。他被清军俘虏，押回福州时，隆武帝哭着想去赎他，可郑芝龙拦着说“一个书生，死了就死了，没必要救”——郑芝龙早就跟清军暗中勾结，想献城投降换个大官做。
清军劝黄道周投降，说只要他剃发，就封他为“大学士”。黄道周冷笑一声，指着自己的头发说：“这是汉家衣冠，岂能为鞑子剃掉？”顺治三年正月，黄道周被押到福州街头，临刑前，他写下一首绝命诗：“六十年来事已非，翻翻覆覆少生机。老臣挤尽一腔血，会看中原万里归。”刽子手的刀落下时，街上的百姓都哭了，有人扔了件素色的袍子，盖在他的尸体上——那是大明官员的官袍，他到死都没丢了汉家的体面。
黄道周死后，郑芝龙更肆无忌惮了。他偷偷派儿子郑成功去跟清军征南大将军博洛谈判，说愿意献福州投降，条件是封他为“闽粤总督”。隆武帝得知后，气得吐血，他带着三千兵马从福州出发，想去江西找黄道周的残部，可刚走到延平，就被清军追上。
三千兵马很快被打散，隆武帝被清军围在一座山上。博洛劝他投降，他站在山头上，对着北京的方向磕了三个头，说“朕是大明的皇帝，宁死不降”。最后，他被清军一刀砍死，尸体滚下山坡，身上还穿着那件洗得发白的素服——他当了一年皇帝，没穿过一天像样的龙袍，却守住了大明皇帝最后的骨气。
郑芝龙献城后，博洛却没兑现承诺，直接把他押回北京软禁起来。郑成功得知父亲投降、隆武帝战死，在厦门的演武场上哭了一天一夜。他当着全军将士的面，拔出佩刀割掉了自己的辫子，说：“我郑成功，此生绝降清！定要收复台湾，作为抗清的基地，总有一天，要打回北京，为先帝、为隆武帝报仇！”
隆武帝死后，南明的残部又在广东肇庆拥立桂王朱由榔为帝，建元“永历”。永历帝登基时才二十二岁，还是个没断奶的孩子，朝政全靠瞿式耜打理。瞿式耜是个忠臣，他一边在肇庆加固城防，一边派人去联络张献忠的余部——此时张献忠已经战死在四川，余部由李
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