名字不叫八卦教，可组织架构却是来自《八卦图》，也就是“内安九宫，外设八卦”。
除了自称“中元九宫教主”的总教首，“乾、坎、艮、震、巽、离、坤、兑”八门均设有掌卦门主，实行家族世袭制。在掌卦之下，设有六爻，分别是开路真人、挡来真人、总流水、流水、点火、全仕。
达到全仕一级就可以开坛收徒，到了流水就可以独立核算，当了真人就有财权，同时裁决某一地区教内的一切事务，拥有生杀大权，可以赐封教职。
在全仕之下，还有传仕、麦仕、秋仕等分工不同的教职。想升级，除了不断掏钱捐献，还要看“功行”。而“功行”的大小取决于招收徒弟的多少，也就是谁手下人多谁的级别就高。
收元教草创之初，信徒寥寥，当时最早立的卦门就是离卦和震卦；前者由河南商丘的郜家世袭，后者则是山东金乡侯家世袭，后来又多了一个菏泽王家，与侯家分庭抗礼，共同执掌。
再后来，坎卦、艮卦、巽卦、乾卦、兑卦各门相继成立，由此形成了一张北到直隶东明，西到山西定襄、南到山东菏泽、东至曲阜的庞大地下网络。
到了乾隆中叶，收元教改名为清水教。在之前的一百多年里，八卦教的内幕一直无人知晓，这个庞大的“古代诈骗集团”已经被大大小小的世袭传教家族所把持。他们每一家都是当地的大地主，家财万贯，田亩数十顷，家里的仆人、长工和佃户都是门徒，少则数百，多则上千。
乾隆三十七年，因震卦门门主王中暴露，已经世袭传承了六代教首的刘家被清廷查出，几乎一网打尽。
乾隆三十九年，山东爆发“清水教之乱”，其首领王伦就是出自掌管震卦门的菏泽王氏家族。
当时刘家的直系后人要么被流放发配、要么就是给披甲人为奴，唯一一个漏网之鱼躲去了新疆，于是实力最大的震卦门王家就成了统领九宫八门的代教首。
那些参与造反的信众称呼王伦为“东方震宫王老爷”或者“后天王老爷”。要知道在八卦教里能被称为“后天某老爷”的，就只有掌教教主。
至于在另一时空的嘉庆十二年发生的“天理教攻打紫禁城”事件，是由掌管坎卦门的林清、震卦门主李文成、以及离卦“开路真人”冯克善联合策划的。之所以震卦门主又换了人，是因为菏泽王家和金乡侯家已经被清廷杀绝了。
此外还有传承两百年，一直颇为神秘的离卦门郜家。太平天国运动时期，盘踞商丘的郜家终于耐不住寂寞下场，
…。。