孙策凝神思索片刻道：“如此就依文和先生之言。”
建安六年九月，孙策上表朝廷，称获赐的麦种被做手脚，无法发芽，整个天下为之哗然。这份表章直接导致多名参与募集麦种的公卿士族落马，其中就包括太中大夫孔融。半月后，朝廷发出判罪文书，孔融等人招合徒众，欲图不轨，谤讪朝廷，不遵朝仪，罪当处死，株连全家，无赦。孔融临刑前做《临终诗》：“言多令事败，器漏苦不密。河溃蚁孔端，山坏由猿穴。涓涓江汉流，天窗通冥室。谗邪害公正，浮云翳白日。靡词无忠诚，华繁竟不实。人有三两心，安能合为一。三人成市虎，浸渍解胶漆。生存多所虑，长寝万事毕。”士民闻之无不下泪。
孙策看着孔融等人的人头和皇帝意存抚慰的诏书，脸色铁青。他心中一直以来的不安应验了，曹操的计谋果然不会如此平庸。借助麦种一案，曹操不仅铲除了朝中名望卓著的异己，打压了北方士族，还成功的移祸江东。朝野上下隐隐有风声说孙策为了趁河北战事紧急之际发兵许昌，挟持天子，故意调换了朝廷赏赐的麦种，以致孔融等人无辜受到牵连，死在襄江上的使臣郗虑成为流言的最好佐证——如非杀人灭口，怎会如此凑巧。这一切令孙策无从辩白，只能保持缄默。
孙策的沉默致使麦种一案令江东士族人人自危，陆氏家主陆康担心新的变革即将到来，主动向孙策交出了家族三成的田地和钱粮，以换取保全家族的承诺。其余的中小豪门纷纷效仿。孙策在收回大量的钱粮土地后，军垦屯田，兴修水利，休养生息，为西征益州暗自准备，算是在麦种案中的小小得利。
同年十月，曹操于仓亭再次击败袁绍，斩首万余，所获军械粮草不计其数，奠定了统一河北的基础。