1949年1月5日，陈诚接掌台湾省政府，当日即致电傅斯年：“弟已于今日先行接事，介公深意及先生等善意，恐仍需有识者之共同努力，方能有济。弟一时不能离台，希先生速驾来台，共负巨艰”
1月19日，傅斯年迈出了史语所的大院，搭机前往台北。前来送行的，除了白发苍苍的老工仆外，就只有已经决定去往美国的胡适。
1949年1月20日，傅斯年从代理校长杜聪明手中接任国立台湾大学校长。台大中文系教授黄得时请他题字留念，他挥毫写道：“归骨于田横之岛”。
田横，原为齐国贵族，在陈胜、吴广大泽乡起义后，田横与兄田儋、田荣也反秦自立，兄弟三人先后占据齐地为王。汉高祖刘邦统一天下后，田横不肯称臣于汉，率五百门客逃往海岛，刘邦派人招抚，田横被迫乘船赴洛，在途中距洛阳三十里地的偃师首阳山自杀。海岛五百部属闻田横死，亦全部自杀。
傅斯年在这里自比田横，大有风萧萧兮易水寒,壮士一去兮不复返之势。怎么回事，不就是去台大当个校长吗！怎么搞得这么悲壮呢？
1948年下半年，由于政治军事局势的恶化，南京国民政府准备迁往台湾，于是台湾大学就成了未来的最高学府和学术中心。
台湾大学的前身是台北帝国大学。该校创建于1928年，是日本殖民统治的产物。抗日战争胜利后，台湾回归我国，才改名为国立台湾大学。该校第一任校长是罗宗洛。但是在以后三年中，该校连续换了三任校长，都没有建立良好的教学秩序。
在这种情况下，朱家骅认为只有傅斯年能够当担重任，于是就有了文章开头的陈诚给傅斯年的电报。
也就说，傅斯年接手的就是一个烂摊子。可谓是“受任于败军之际，奉命于危难之间”。所以，傅斯年后来对陶希圣说：“希圣！你以为我是来做校长，我死在这里。”
傅斯年在代理北大校长的时候，对于大学的建设和高等教育，是有自己的想法和理念的。只是，他当时只是个代理，只能为正牌校长胡适当清道夫和开路先锋了。
现在，傅斯年可以大显身手了。
傅斯年在第一次校务会议上为台大的发展定下基调和方向：教育、学术和建设。这三个关键词也成为台大的使命。台湾大学既要成为一个“学术机关”，也要担负起台湾高等教育的责任，同时对于台湾建设的协助也不应该放弃。基于这种认识，傅斯年着手开展了一系列改革，目标是将台湾大学建设成“
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