国立中央博物院计划书草案》，明确建院宗旨：提倡科学研究，辅助公众教育，以适当之陈列展览，图智识之增进。
经过和有关方面请示和协商，决定在中山门半山园征地12.9公顷，拟建“人文”、“工艺”、“自然”三大馆，延请翁文灏、李济、周仁分别为自然馆、人文馆和工艺馆筹备主任，后因时局关系，仅建“人文馆”，即后来南京博物院大殿。该建筑为仿辽代宫殿式，由民国著名建筑师徐敬直设计，经建筑大师梁思成修改。这为后话。
除政府明令拨发的南迁文物，国立中央博物院筹备处自成立之始，傅斯年就有建成一个实至名归的国家乃至世界级博物院的构想，于是开始从私人收藏家手里征集文物。
1933年10月，在蔡元培、叶恭绰、李济等人的共同努力下，以3.4万元的价格，购进了闽侯何叙甫绘园古物两千余件。再后来，随着不断收购、拨交和派员主动到田野进行考古发掘，中央博物院筹备处很快集中起全国第一流珍品约30万件，其中包括绘画中的《历代帝后像》《唐明皇幸蜀图》，铜器中闻名中外的毛公鼎等稀世珍宝。
1934年7月，傅斯年因兼职过多，决定辞职，经征得朱家骅同意后，由他推荐的李济继任中央博物院筹备主任的职务。
1936年春，担任中央研究院总干事的丁文江因煤气中毒不幸在长沙病逝，院长蔡元培提议朱家骅接任总干事。按中央研究院章程和权力划分，院长之下以总干事掌握实权，总揽全局。这是个很重要也很显要的岗位，朱家骅也确是合适的人选，傅斯年对此是很支持的。朱家骅当时已经是国民党的中央委员，中央政.治.会.议委员，还有其他职务，身上的担子很重。开始不太情愿，在大家的劝说下，还是勉强答应了。
这一年的冬天，朱家骅被国民政府任命为浙江省主.席。
中央研究院的总干事，是要有具体业务的，一个政务繁多的省主.席兼任中研院总干事是不太合适的。但因为一时找不到合适的人选，本人几次递交辞呈，都无结果。
不久，卢沟桥事变爆发，日军即有进攻上海，迫近南京之势，华北、华东陷入全面危急。面对危局，身兼多职的朱家骅显然已无法继续兼顾中研院事务了，只好请傅斯年出面代理。傅斯年是个顾全大局的人，情况都在哪明摆着，便毅然挑起了这副担子。这时候的傅斯年，主要的职务应该已经不是中央史语所的主任，而是中央研究院总干事了。
不久， “八一三”淞沪抗战爆发
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