位助手也先后离职。傅斯年又从北京大学选拔王崇武、吴相湘、姚家积三位高材生来史语所，继续从事家业堂本《明实录》校勘工作。不久吴、姚相继离职，王崇武于抗日战争期间随史语所辗转迁徙，继续从事校勘工作，直到1948年赴英为止。
1938年史语所迁至昆明，这时红格晒蓝本《明实录》与广言馆本已对校完毕，为尽快公布校勘成果，傅斯年决定将《明实录》校勘本送香港刊印。他亲自审阅校勘结果，杀青定稿，在底本上写批语，作标记。遇有异文，便用“△”标出，打算双行排在正文下边。凡须提行顶格排印者，则以“：”标出。他嫌校语冗长，不便阅读，遂用红笔直接改正红格晒蓝本误字，而将原来的校语略去。有的地方有必要保留校语，便用红笔批示：“此条存”。有些异文难以决断孰是孰非，便批一“查”字，由王崇武查阅各本，再作校注。傅斯年亲自校勘了《太祖实录》36卷，这虽然只占整个《明实录》的一小部分，但这毕竟是筚路蓝缕之举。
史语所迁到台湾后，《明实录》的校勘工作一度中断，至50年代中期恢复，60年代初最终完成并付梓印行。
此外，在傅斯年寻求新材料的学术思想指导下，史语所陆续购入上自先秦，下至民国的金石拓片25000多张，33800多卷。其中多属张钫、刘体智、柯昌泗及北平翰茂斋旧藏，而以柯昌泗所藏最为精要。这些拓片不少为史语所独家收藏，是史料价值很高的稀世珍品。其中仅唐代墓志铭就有3000余张，为探讨唐代人物与社会结构之重要史料。史语所藏有民国初年刘复为研究民间文艺而征集的俗曲本子及史语所建立后陆续在各地搜集的曲本，也是一种颇有特色的新史料。史语所的学者们对于敦煌卷子的搜求与整理，对汉魏竹简特别是居延汉简的整理与研究，也取得了举世瞩目的成绩。