册乃整理档案时随意捡出的文件，包括明季边情，有关骚乱反叛事件的奏章、题本及沈阳旧档等。其中以顺治朝奏章为最多，涉及到郑成功、李定国、洪承畴等重要人物的史料皆有选录。
第7册为朝鲜史料。
第8至10册乃明季边情方面的文件。
1936年出版乙编、丙编各10册。
乙编第1至6册录明季边情文献。
第7、8、9册录东南沿海一带的海盗、山贼、红夷、倭患及黔、滇、川三省的土司文献。
第10册录农民起义方面的文献。
丙编第1册为沈阳旧档，第2册为洪承畴奏章，第3至10册为顺治朝奏章。
以上三编30册均为线装，由商务印书馆印行。
抗日战争爆发后，档案的整理、出版工作均告停顿。
抗日战争胜利后，丁编10册的篇目内容已经选定，但因时局动荡，迟迟未能付印。后来还是在1951年，由中国科学院整理后，交商务印书馆刊印面世。内容包括有关郑成功的史料、明季边情的文献，康熙朝奏章和三藩之乱的若干文献。
抗日战争爆发后，史语所取档案中之精华部分（约占原有件数的三分之一）随所搬迁。
1948年底1949年初，史语所迁至台湾的杨梅镇，这批档案则随之运台。
自20世纪50年代中叶至70年代，史语所继续刊印《明清史料》之戊、己、庚、辛、壬、癸各编。自甲编至癸编共100册，收录史料10000页。另外还刊印了李光涛等人选编的《明清档案存真选辑》三集。
运往台湾的清内阁大库档案共有31万件，至80年代中期已经整理出7万多件。约有三分之一的档案因腐烂霉变、水渍虫蛀而成为残屑碎片，另有三分之一未开箱检视，存于史语所傅斯年图书馆的地下室中。
1986年之后，因得到联经出版事业公司等单位的资助与合作，刊布印行之速度加快，至上世纪90年代中期，已出版近300册。这批珍贵档案资料的整理被列为台湾历史语言研究所的三大工程之一，准备将这些档案建成影像档，为人们提供网络检索与阅读的便利。
虽然，这其中很多的成果，已经是傅斯年离开中央史语所，甚至是他离世之后的事情。但可以想象，如果傅斯年泉下有知，一定会十分快慰。