体的西方档案馆性质的学术机构。类似的学术机构在民国时期先后出现过三个，分别是北大国学门、中央研究院历史语言研究所、故宫博物院文献馆，这三个机构先后参与了明清档案史料的整理，且都与蔡元培有密切的关系。
他先后担任过北大校长、中央研究院院长、故宫博物院理事会理事长。蔡元培以他卓越的才能成为近代中国学术机构的奠基者和领导者，为明清档案史料建立了永久的保存机构，也是清代内阁大库档案最后得以归还公有的关键性人物。
前面提到过了，蔡元培这时已经辞去大学院院长的职务，但是为留住这批珍贵档案，即于九月十二日致函大学院总干事杨杏佛，“欲大学院以二万元购李盛铎所藏之档案。如能腾出此款，当然甚好。但几日内有法筹出否？”
收到老院长的信后，杨杏佛马上全力为之。
蔡元培、杨杏佛对于这部分内阁大库档案最终得以保存在史语所，并得到迅速整理、研究、刊发功不可没。
一九二八年十二月，史语所派员至北平，由马衡介绍，找李盛铎洽谈，后又由陈寅恪、李宗侗出面办理。
一九二九年三月，陈寅恪致信傅斯年，说已向李盛铎预付定金，并说由罗振玉清理印出之史料乃其中之极少数，其余并未开包。最后，如傅斯年设计的路径，大学院买下了这批档案，交由中央部研究院，最后，傅斯年如愿以偿。
清亡以来，这批档案数易其主，辗转搬运，潮湿腐烂、鼠啮虫蛀，损失相当严重。一般官僚政客，乘检视之机，将珍贵案卷攫为己有，加上纸店主人挑选出售，罗、李收藏时各有留取。历史语言研究所运进时，计称得存于天津之档案六万余斤，存于北平的部分大约与之相当，总计约十二万斤，较原来应该是已经少了二万余斤。
但是，无论如何，这些国宝，还是基本保留下来。
那些为保护这批国宝，曾做出不懈努力的先贤们，是不应该被忘记的。