因为有了李济这样的顶级考古专家主持，肯定地说殷墟发掘从第二次开始，是走上了科学考古的正轨了。当傅斯年挖空心思、不遗余力的招聘李济到“中央史语所”主持考古的时候，有人还不是很理解，现在不能不心悦诚服傅斯年用人的眼光。把最合适的人放到最合适的岗位，这便是领导者的知人善任。
有了李济的主持，背后又有傅斯年甚至蔡元培这样的卓越的领导人保驾护航，按说，接下来殷墟发掘便应该是高歌猛进了。
殷墟地处河南，因为冬季天寒地冻，不具备野外考古的条件，夏季雨水过多，对挖掘中的历史遗迹容易造成破坏，所以这两个季节是要被回避开的。国立中央研究院河南殷墟发掘团在殷墟的发掘，只能在春秋两季。
第二次殷墟发掘，也就是一九二九年春季发掘结束后，接下来的第三次开挖，按计划应该是在一九二九年秋季进行。
一九二九年十月，而正当李济信心满满的进行当年秋季的第三次发掘时，却遇到了大麻烦。
原来，殷墟发掘开始之时，中研院和河南地方政府曾在出土器物的归属和保管上有所约定，出土文物主要交给河南地方部门保存。
但在一九二九年春第二次考古发掘之时，李济等人就发现，河南当地很难保证文物的安全。殷墟的第二次发掘结束后，李济等人为了保护出土文物免遭破坏，把部分重要文物带回了北京进行整理和研究。
这一做法，惹怒了河南政府。率先反对的是河南省图书馆馆长兼民族博物馆馆长何日章，他以史语所违反协议为由，请求河南省政府叫停殷墟的发掘，转而委托河南博物馆进行挖掘。
当时的民国，虽然已经不像在北洋时期，很多地方都处于割据状态，但地方的权力也是很大的。很多的时候，中央的政令都不见得畅通，更别说中研院这样的文.化.部门，自然是惹不起地方政府。
所谓强龙压不住地头蛇，本来，没有地方政府的支持，中央研究院河南殷墟发掘团是很难进行的，更别说是层层设立障碍了。因此一九二九年十月七日开始的第三次发掘，到十月二十一日便被迫停下了。
在此情况下，傅斯年亲赴河南政府所在地河南开封进行斡旋，对李、董二人的做法进行了解释，并且承诺史语所绝不会独占文物。也通过各方的努力，到十一月十五日，第三次发掘才得以继续。
当时殷墟发掘面临的情况特别不好。
一方面，考古人员在乎季节，盗掘古物的人可不在乎。
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