学生涯的最后阶段对他有过影响，使他转而重视比较语言学。从傅斯年藏书扉页所记的购书年代可以判断，他当时开始大量购买这一方面的书籍。
当时两人的相得之情，或许可以在一九二七年陈寅恪的一首赠傅斯年的诗中看出：“不伤春去不论文，北海南溟对夕曛。正始遗音真绝响，元和新脚未成军。今年事业余田舍，天下英雄独使君。解识玉珰缄札意，梅花亭畔吊朝云。”
从这一首诗中可以看出，陈寅恪对傅斯年想将“东方学的传统”从柏林、巴黎等地移回北京，并在中国建立新学术的宏愿是相当欣赏、支持的。在陈寅恪的诗中并不轻易用“天下英雄独使君”那样的形容词，这显示了他对傅斯年一番事业有怎样的期待。