爆炸的声音都没有，就像是一切收缩成了一个奇点。
渚薰和Mark.06一起，化作了虚无。
SEELE，魂之座。
“朗努基斯之枪终于回到了祂的手中。”
“所有的使者都完成了他们的任务。”
“虽然有些冒险，但我们的愿望终于要实现了。”
“条件还不完备，但也只能如此，再拖下去，恐生变数。”
“让EVA量产机，归于其原貌。”
“带给我等人类福音的真貌。”
“透过平等的死和祈祷，人们将归其原貌。”
“这也是灵魂的安息。”Keel议长说：“那就开始仪式吧。”
“现在让中心之树复活，我等仆从，EVA量产机，就是为了此刻而诞生的。”
碇源堂带着绫波丽，来到了最终教条区。
他提前Mark.06一步来到了这里，为了防止他手上的亚当胚胎引起渚薰的注意，他一直蛰伏着，等待Mark.06按照计划湮灭才现身。
他趟过了橙色的生命之水，抬头看向天花板上的大洞。
碇源堂的得知的计划当中，是要用莉莉丝来举行最后的仪式的，所以才让与亚当融合的他回到NERV。
但是从现在的情况来看，SEELE的真实计划，是要以初号机为神的替身，他也只是SEELE计划中的一部分。
不过他早有预料，老人们可不是那么简单就能处理的对手。
捕获了S2机关，并且融入了人类灵魂的初号机，同时拥有了生命果实和智慧果实，初号机已经有了成神的资格。
碇真嗣沉睡的灵魂醒了过来，朗基努斯之枪束缚住了初号机的动作，他什么都做不了，只能眼睁睁看着EVA量产机咬住初号机的光翼，将仿造的圣枪插入自己的胸膛。
强大的反AT力场，以初号机为中心爆发出来。
这便是第三次冲击的开始，与十五年前的第二次冲击如出一辙。
身处地下生态圈的明日香和美里，能透过那个大洞看到天空中的初号机。
美里想起了十五年前的记忆，她那个时候还是个孩子，和父亲一起在南极，见证了第二次冲击的发生。
唯有她被父亲塞进救生舱活了下来，其他人都死了。
“又来了吗？”美里咬牙：“难道我们还是什么都做不了吗？”
身处最终教条区的绫波丽，她
…。。