如此看重，孙承宗心中希望有大作为。所以在见了崇祯皇帝后，直接就把自己心里盘算了许久的谋划和盘托出，希望崇祯皇帝能够听取自己意见从而支持自己，借这一次机会一举解决掉辽东建奴，扭转乾坤。
可惜的是，在听完自己的讲述和谋划后，崇祯皇帝却一直迟疑不决。最后直到等自己离开皇宫的时候崇祯皇帝都没给自己一个明确的答复，这让孙承宗失望之极，和天启皇帝相比，崇祯皇帝实在差的太多，这个年轻的天子根本不是一个合格的君主，再加上他性格的问题所至，哪怕孙承宗恢复原职，未来也不会和天启朝一样被无条件的信任和支持。
第二日，孙承宗就接到崇祯皇帝正式旨意，旨意中告诉孙承宗不必考虑离京，让孙承宗在京师负责防务，并要赐尚方剑，规定京营总协及坐门文武、大小公侯、驸马伯、五城御史、顺天府官，尽听统辖。文武官员应用者，在朝在野，用后吏、兵两部奏闻。户部有应支钱粮，便宜取用，户、兵、工三部司官，违误军机，许拿问。入援各军有合行调遣者，便宜调遣。总兵以下有违误者，以军法治罪。
从圣旨的内容来看，崇祯皇帝给了孙承宗极大的权利，等于是任命孙承宗为“天下兵马大元帅”了。可是偏偏又驳回了他之前陈对的计划，把他留在了京师，同时也用这个方式告诉孙承宗，崇祯皇帝把京师安危托付给了他。
接到旨意后，孙承宗心里就明白了崇祯皇帝的打算，表示自己领旨。
翌日，孙承宗正式到文渊阁上任，接过了崇祯皇帝给他准备好的印信，开始着手对京师进行布防和调整。
就在他到任后的第三日，关宁军在祖大寿的率领下回到了京师，孙承宗亲自去见了祖大寿等人，见到祖大寿当面就毫不客气地痛骂了他们一顿，面对孙承宗这位老上司，祖大寿包括关宁军诸将哪里敢分辨？一个个乖的和鹌鹑似的，低头站在那边一声不吭。
等骂完了，孙承宗就命令关宁军回到原来的防线，并警告他们一切以国事为重，不要再行自误，祖大寿等人表示之前的举动做错了，态度诚恳认错，愿意听从孙承宗的指挥。
可孙承宗自己都没想到，前脚刚刚安排好了回来的关宁军，对京师的布防也重新做了调整，还没等孙承宗进行下一步也就是调集各部军队准备和建奴八旗开战的时候，突然一道圣旨又到了。
这一道圣旨居然是让他去通州，因为刚刚接到消息建奴八旗有强攻通州的迹象，通州方面告急，崇祯皇帝决定派孙承宗去通州和建奴作战。看见这
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