福建布政司为福京，改福州为天兴府，改布政司为行殿。
不仅如此，还大肆给官员们加官进爵，升郑芝龙为平虏侯、郑鸿逵为定虏侯，封郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。同时启用崇祯朝便辞官回乡，且在朝廷和地方颇有威望的黄道周担任隆武朝廷的兵部尚书和吏部尚书，以及任用了一大批福建当地的曾在朝廷任职的官员，比如户部尚书蒋德璟、工部尚书曾樱等等，隆武朝算是正式建立。
郑芝龙也没有亏待自己的儿子，对隆武帝说了郑森的战绩，隆武帝当即表示可惜没有一位公主能许配给郑森，所以为了表示对郑森的喜爱，隆武帝将当朝最尊崇的朱姓赐给了郑森，并赐名成功。隆武帝拍着郑森的肩膀郑重道：“惜无一女配卿，卿当忠吾家，勿相忘也！”
在得到了朱成功的名字之后，郑森便被自己的部下和当地的百姓尊称为国姓爷。