年七月，陕西子午谷的黑水峪之战中打了起义军中势力最强的高迎祥部，并俘虏了闯王高迎祥，崇祯得知高迎祥被俘的消息非常高兴，命令陕西巡抚孙传庭将高迎祥押往北京，并举行了的献俘仪式，仪式之后闯王高迎祥被凌迟处死。
原来崇祯九年正月，农民军闯王高迎祥、闯将李自成率部东围庐州，取含山、和州；农民军连营数十里攻滁州，被右副都御史兼湖广总督兵部侍郎卢象升率领边兵总兵祖宽、游击罗岱等败于城东五里桥，农民军战不利，连营俱溃，北退五十里，被斩一千二百余级。
之后农民军屡战屡败，从朱龙关至关山，积尸埴沟委堑，滁水为不流，农民军失利后，北渡*泗州、徐州，农民军损失惨重，开始分路向河南境内溃退，卢象升急速追入河南境内围剿农民军，农民军最后逃入南阳府的内乡、淅川山中，三月中旬，闯王等又纷纷杀回陕西。
卢象升急速追入河南，布置各军围剿，一时河南境内，杀声震天，血肉横飞。农民军最后逃入南阳府的内乡、淅川山中，卢象升奈何不得。至此年三月，闯王高迎祥、闯将李自成等又纷纷杀回陕西。
不久建虏皇太极派多罗武英郡王阿济格为首领等统八旗兵十万伐明，明朝大军的重心转向京畿，右副都御史兼湖广总督兵部侍郎卢象升也挥师北上勤王，三月由右佥都御史顺天府府丞孙传庭替代剿贼无功的甘学阔出任了陕西巡抚，崇祯皇帝这回总算启用了一个文武全才的秦督。
孙传庭军事、经济都是行家里手，孙传庭主持陕西军务后，不断扩充自己的军力和粮饷，在西安周围屯田二万余项，从两万多官军中，选得精锐士卒一万一千人，税银、粮食都有所增加。
闯王高迎祥、闯将李自成逃回陕西后，孙传庭与洪承畴进行了工作分工，洪承畴重点对付陕北一带的闯将李自成等部，孙传庭则重点对付闯王高迎祥，高迎祥部退入陕南山区之后，由于这几年陕西、山西连年遭受旱灾、虫灾，发生大饥荒。饥民无粮，只得食树皮、草叶，树皮、草叶尽，乃人相食，甚有母烹其女以食者，闯王高迎祥在陕南山区无处觅食，人饥马乏，为摆脱困境，他决定走小路进攻西安，给官军来一个突然袭击。
谙熟兵法的孙传庭得知闯王高迎祥部突然消失，就猜到高迎祥欲效三国时蜀国大将魏延之计从子午谷出奇兵，子午谷是秦岭六条连接西南的大道中最险峻的一条，历史上多次有兵家企图偷渡，但却从来没有人成功过，孙传庭立刻做出军事部署，在闯王高迎祥部必经之路周至县黑水峪设置伏
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