控制台中海域之后，张宣并没有率军南下澎湖。第一分舰队只有几十艘战舰，除留下一部防守台北外，还派了十几艘监视大陆方向，以防宋军水军杀回马枪。兵力分散之后，第一分舰队在台中海域只有三十余艘战舰。这点数量即便前往澎湖，也不太可能改变战局，毕竟那边的宋军战船数量也极为庞大。张宣决定留在台中海域，防止宋军战船来援。
进攻台南的宋军从泉州出发之后，一路在澎湖登陆，一路直扑台南堡。澎湖虽然位置重要，但面积不大又不产粮食，故霹雳军只驻扎了一个团的正规军，另有一个团的基干民兵。这些基干民兵是水军，虽然平日也在训练，但主要是在捕鱼，对付小股海盗倒没有问题，但要与官军水军作战便力有不逮了，更何况此次官军船只数量如此庞大。故当黑压压宋军船只来袭之时，澎湖的霹雳军团长便令基干民兵撤离，自己领了正规军留在岛上。
霹雳军在澎湖港口附近有一个大型堡垒，岛上其余地方和附近的小岛上另有十余个岗哨和塔楼。在宋军船队来袭之前，这些地方的士兵便奉令撤回了主堡，来不及带不走的东西全部焚毁，包括四门沉重的要塞炮。这些旧炮自毁之后，将来把铜铁料回炉重铸，又可以铸成新火炮。流求与巴蜀的人流、物流联系颇为畅通，在得到了总部人材、技术的支持后，流求的火炮工艺得到了大幅提升，威力增加了不少。
宋军虽然数量众多，又有大量的攻城武器，也有不少火炮，但急切之间却也拿坚固的澎湖堡毫无办法。当然，如果不惜代价用命去填，攻城技术极为娴熟的宋军，倒也能拿下澎湖堡，毕竟守军只有一千五百人。有了蒲寿庚的教训，宋军决定用偏师对坚城利堡围而不打，只要将霹雳军守军钳住即可，主力则直扑后方。只要控制了腹地的兵工厂、屯垦点、矿山，即便霹雳军舰队回防也无可奈何。没有了后勤补给，舰队战力将会急剧下降。
进攻台南的宋军也是按照这个策略，在将台南堡围困之后往后方突进。只不过与进攻台中堡的宋军一样，他们也遭到了沿途屯垦点的顽强阻击。挡在前方的这些屯垦点，平民和粮草物资早已搬空，而守军在顽强抵抗之后，每每趁夜遁去。在地雷、火炮和火枪的阻击下，每拿下一个屯垦点，宋军都要死伤千人以上，而收获却寥寥无已。宋军虽然人数众多，但如果按这个消耗下去，用不了多久，便会伤亡过多而丧失进攻能力。
过了些时日，台北大军撤退和台中登陆宋军进退两难的消息传来，使得在台南的宋军也开始惶恐起来。正在此时，被征调
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