德贝尔离开一个月后，新的使徒出现在水蓝星附近，开始向第三新东京市袭来。碇真嗣等EVA成员组成的EVA部队，正面迎击。
京都研究所，新的超AI机器人，也开始生产，并组成部队，守卫京都。
海外一些残存的GEASS教团成员，在鲁路修率领的黑色骑士团成员追击下，逐渐被覆灭。
天人在九条丽莎的带领下，前往火星进行着秘密任务。
天使则在泰蕾莎的带领下，神秘消失，似乎也在进行秘密任务，不为人知。
一团来自外太空的信息流穿过太阳系内的星门，朝着水蓝星涌去。
一艘巨大的战舰，孤零零的穿过星门，开始与火星驻留部队进行接触。
林有德离开了水蓝星，但水蓝星的一切却并未停止。
所有人都朝着既定的目标，前进着……
所有人都相信，在不远的未来，大家会在未来重新相聚……
因为，真正的危机，并没有真正降临。
所有人都在期待着林有德归来，并肩作战的那一刻。
……
时空神殿
时空龙神·柯洛诺斯睁开了疲惫的眼睛，低语道。
“时间……不多了。希望一切都还来得及……”
索莲德站在时空龙神的脚下，抬头面露担忧之色。
“龙神大人，生机，真的存在吗？”
“我们，真的还有希望吗？”
奥拉席翁也是发出了一声长叹。
“开辟了那么多平行世界，又毁灭了那么多平行世界，造了多少杀孽，死了多少生灵，这一切，真的有意义么？”
索莲德神情迷茫。
“即将袭来的那些家伙，可是连其他龙神大人们都敌不过的存在。”
“仅凭有德他……真的能够……赢……吗？”
时空龙神·柯洛诺斯俯视两位侍女，低语道。
“吾不知，也无人知晓结局。”
“毕竟连那位……都陨落了，吾之所谓，也不过是垂死挣扎。”
“但那位说过，这是我们仅存的一点希望，那吾就要去寻求。”
“失败，不过是毁灭一途，吾亦无所畏惧。”
“人类有句话说得好，叫尽人事听天命。”
“该做的，吾都做了。只是希望，那个林有德，真的能够成为吾等的希望吧。”
说着，时空龙神·柯洛诺斯
…。。