谦益表示了南归的意向之后，黄宗羲、方以智、陈慧贞、冒避疆等人都表示欢迎，不仅是出于旧友之谊，同时也确实是可惜钱谦益的才学。
因此在得到钱谦益己经南归的确切消息之后,也有不少人向商毅进言,劝他接纳钱谦益，除了南京的一些原明官员之外，还有郑成功也给商毅写信，帮钱谦益说好话，因为钱谦益还曾是郑成功的老师。
其实商毅对钱谦益反正南归之举，也是非常欢迎，因为这是宣战诏书发布之后，第一个作出响应的原明官员，这个意义相当重要。而且钱谦益并不是一个普通人，在南方，乃致全国都据有相当的影响力，另外商毅建立的是一个新朝，在这一点上来说，钱谦益背明降清，现在又反清南归，并不是不能接受的。当然商毅仍然还是那个大前捉，回到南京来，别给自已捣乱，当然这个任务还是交给陈圆圆去完成。
因此南京内阁和参政院先后发表声明，对钱谦益南归表示了欢迎，同时商毅也让黄宗羲和史可法去迎接钱谦益到南京来，并且又亲自在王府接见钱谦益，而陈圆圆也私下邀请柳如是入宫述旧。
当然商毅对钱谦益的降清行为并没有回避，直接指出，降清行为将是钱谦益一生的污点，但也表示，过去的事情虽然无法改变了，但也希望钱谦益能够在南京代罪立功，以后多做一些于国于民有益的事情，弥补自己的过失。虽然被商毅说得又羞又愧，甚致是痛哭流涕，但钱谦益也十分感激，向商毅称谢不已。
随后内阁又下文，任命钱谦益为南京文史馆撰修，付责整理古籍资料，并兼任师范大学教授。虽然在宣战招书中，商毅表示对反正官员授予官职，但肯定不会是重要职位，动员清廷汉官反正，目地是瓦解清廷，而不是真得要重用这些人，其像征意义更大于实际意义，但毕竟属于政治上有污点的人，不可能出任要职，别说是阁、各部，就是参政院也不会录用，只能出任闲职。如钱谦益这样学问渊博的人，正好可以干一些文化方面的事情，政治就别在参和了。
不过经历了这一番大起大落大反复之后，钱谦益也看开了，这次南归也只是求一个心安，并没有什么追求功名的想法，干文化方面的事情，教书育人，也正合钱谦益的心意。因此也十分愉快接受了这一任命。
而在回家之后，柳如是也将自己和陈圆圆述旧中，听陈圆圆转达的情况也转告给钱谦益。这一点钱谦益还是非常明白的，于是就在当天晚上，钱谦益连夜写了一篇认错的文章，并且再次呼吁清廷的汉官，尽快反正南归，在杭州时报上公
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