淮地区包括安庆、庐州、凤阳、淮安四府，历来都中国的人口稠密地区，在万历年间，总计人口达二百七十余万，虽然现在几经战乱，大约只剩不足一半，但也不是一个小数字，足以耗光目前商毅存余的粮食物资，也就是说，就算把江淮地区稳定下来，至少在今年，商毅基本是不可能动五万人规模以上的战争了。而等到明年的时侯，清军估计也能够缓过了这口气来。因此也不得不说，清军的这一计用得确实很高明。
不过事情己经生了，后悔牢骚都没有用，只能去积极面对现实，好在也算是把江淮地区得到自己手里了，并非是一无所获。因此商毅下令，第一军立刻向江淮地区进军，驻守扬州的部队马上进驻凤阳府；驻守和州、滁州的部队进军庐州府；驻守江南的部队进驻安庆府，一面接管地方，维护治安，稳定住百姓，一面追击清军，将清军的破坏活动降到最低。
同时又命周少桓领第四军立刻占领淮安府，然后向徐州地区动进攻，迫使清军收缩兵力，尽快撤军。而湖北军区也由黄州府跨过大别山，向河南府的汝宁州地区动进攻，也是牵制清军的兵力。
随后又命行政司立刻安排人手，分别向江淮地区运去大量的粮食、盐、帐蓬等生活必用品，以免引起难民暴动，但对己经动暴动的难民，则要给予坚决时打击，绝不能手软。如果人手不足，就从湖南、江西地区抽调一部份军队。
周士奇、王夫之等人也深知流民的危险性，一但处理得不好，就容易引大规模的农民起义，说起来明朝其实就是毁在流民，因此也都不敢怠慢，立刻开始布置起来。
一直到一个月之后，商毅连续收到了北京回来的情报消息，才知道这次清军的江淮大撤退，其实是有着非常复杂的政治斗争背景的。
原来丢失了湖北之后，济尓哈朗退守到南阳，这个时候他己经完全明白，自己根本不是商家军的对手，湖北、江淮本来就是守不住的地区，自已被派南下督师，根本就是自找罪受，反到是替多尔衮承任了这次失败的罪名。因此济尔哈朗也是又气又恨，但心里也明白，自己想借南征惨败来扳到多尔衮的计划，己经彻底失败，在连失湖北、江淮之后，自己想取代多尔衮是根本就不可能的事。于是也主动上奏朝廷，为自己这次失败请罪，并表示自己愿意退归林下，永不问事。其实就是向多尔衮认输了。
等济尓哈朗的请罪奏章送到北京时，多尔衮还在称病不住，仍然是由代善代理摄政王事，而回给济尔哈朗的旨意中，并没有批准济尔哈朗的请辞，只是将他责备
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