地方的行政机构就这样先决定下来，接下来是对杭州的行政机构进行一些调整，现在杭州行政部下面共有九个部门，分别教育司，财政司，仲栽司，农田司，工建司、商务司；另外还有直接对商毅付责的审计司、文书司和宣传司。在划分上，也属于行政部管辖。
这九个部门，差不多也涵盖了一个政府除了军事以外的基本行政部门，但现在商毅的管辖区内，和明朝相比，也出现了一些明显不同的地方。
首先是手工业方面，由于商毅制定的政策基本都含有扶持手工业发展的内容，因此在浙江地的手工业发展十分迅速，注册的工厂己经超过了一百五十家，其中超也五百人规模的中大型工厂有二十八家，而超过千人规模的工厂，有十二家，另外注册的以家庭为单位的手工作坊，己经超过了二千家，这还不算那些半农半手工的家庭。而且产业包括纺织、丝绸、造船、木作、印刷、机械、治盐等等。
现在浙江地区完全依靠做工维持生存的人口，己经有十万以上。所谓的资本主义萌芽，已经得到了长足的发展，而工人阶级这样一个全新的阶级，也正在逐渐形成中。现在对工厂、手工作坊的管理，还属于商务司。
还有就是对外贸易和交流，对外贸易自不必说，己经成为浙江地区的最重要财政收入来源，而且随着对外贸易的扩大，对外的交流也随之扩大，现在己经有荷兰、英国、葡萄牙三个国家在浙江地区开设了半官方的商馆，另外至少还有十个国家的商人经常来往杭州经商，因此商毅才打算在杭州专门建立一个外商的聚集区，对外商、包括外籍人员进行统一管理。现在这些事情也全都甩给商务司在管理。
当然这些也还都是属于商业范围內，由商务司来管，也说得过去，但随着商毅势^H 力的发展，不管是否宣布自立，早晚都会对外建立官方的来往，如果还是由商务司来付责这些事情，就形得有些不伦不类了。
另外由于商家军是一支以使用火器为主的军队，加上商毅应用了一些新技术，使浙江地区的开矿、冶金水平和规模也都有了长足的发展，不仅开设了一家大型的冶钢厂，同时还需要大量进口各种金属矿产，这也是浙江地区的主要进口物资，因此现在开矿、冶金也成为一个速度发展的产业。目前开矿和冶金事务还是归属于工建司管理。
和冶金、开矿道理相同的是纺织业，现在的浙江出口的商品中，纺织产品占了相当大的比重，包括丝绸、刺绣、绵布、生丝、纱等等商品，而浙江地区的工厂、手工作业也有一半以
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