这个时候，从杭州派遣到南京来的一百多名行政管理人员都己经到位，并且都开始了自己的工作，有了这一批人员的加入之后，再加上商家军在南京城维持治安，并且提供生活物资，南京的秩序也都己经完全恢复了正常，一些逃亡在外和南京周边地区的人员也都搬进了南京城里居住，也使南京城里的人口增加到十六七万左右，并且而且正在进行着户藉登记造册工作。
因此等商毅和李岩回到南京之后，南京城里己经恢复了几分过去的元气，一些买卖商铺都开始开门营业，在街上也有不少的行人的踪影。还有不少的房屋也正在重新修建中，秦淮河畔也有两家酒楼开张，战争之后的痕迹也在慢慢清理消除之中。
现在离商家军收复南京，才不到一个月的时间，南京就能够恢复成这个样孑，也让商毅觉得很满意。
商毅刚一回到南京，又连续收到两条消息，首先是在凤阳驻守的洪承畴接到了清廷的调令，返回北京去接受清廷的处置。另一条是两支跨海突袭部队都己经平安的撤回到山东登州。其中付责突袭京津地区的第二分舰队将留在登州，保证可以随时从海上打击清廷的力量，迫使清廷必须在渤海沿岸，以及辽东地区保留大量的驻军设防，在短时间内，难以向南方战场派遣大量的兵力。而付责突袭辽东地区的第一分舰队，己经从登州启航出发，在回航浙江的途中了。
这一次突袭辽东的军事行动，占领了清廷的旧都盛京之后，为了从心理上打击清廷，商家军在盛京地区大肆展开了破坏活动，盛京的皇城，包括清朝皇帝的陵寝自然是首当其冲，被当作主要的目标。著名的盛京三陵：埋葬着爱新觉罗氏先祖的永陵、埋葬太袓努尔哈赤的福陵、埋葬太宗皇太极昭陵，全部都遭到了商家军一几乎是毁灭性的破坏，一些供奉在皇陵里的清廷皇帝的贵重遗物，如当年努尔哈赤起事时候所用的十三付盔甲，也都被商家军当做战利品，带回杭州。
而且在商家军撤离时，又在盛京城里放了一把大火，将整个盛京城几乎全部都被焚为灰尽。不仅是清廷的皇族，就连盛京城的所有的满州贵族的祖宅，祠堂也全都被烧毁。
得知了这些消息之后，商毅也十分满意，尽管毁他人坟墓，并不是正当的行为，但其实在毎一个新朝建立之后，都会对旧朝的皇陵、宗庙进行破坏活动，一方面是彻底断绝旧朝后人的复国之望，另一方面也是彻底断绝旧朝对百姓的精神吸引力。这一点和后世老美将拉灯大叔的骨灰撒入大海，而不是埋葬，怕成为恐怖分子朝拜的圣地，是同一
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