虽然刘梦蛟的命令下得没错，但执行起来，却是一大堆问题，因为并不是所有船只都能在第一时间收到命令，结果有的船收到命令，立刻扬帆启航出发，而有的船却还在自码头驶进，结果互相撞在一起，前进不得。
同时还有不少船只正在装船中，水手船员都还沒有到位，虽然撤了跳板，但却没法出航，另外还有不少只装了一部份货物的船只，也不知自己该是返回龙山船场，还是该驶向武昌，只能派人来向刘梦蛟迅问，也把刘梦蛟给忙得焦头烂额，情急之中，也下达了不少错误的命令，结果把本来就己经有些混乱的局面弄得更乱。
真正顺利离开码头驶走的船只其实没几条。
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攻下了镇江府之后，商毅也终于收到了跨海突袭舰队攻占盛京的消息，同时也知道山东战区的跨海突袭的第二阶段己经开始。品书网
虽然现在还不知道登陆京津地区的结果如何，但这个消息也己经使杭州统战部的人员兴奋不已，因为攻占了盛京，也就意味着跨海突袭行动终于取得了成功，清廷早晚都将会撤军北返，因此南方的局势也即将发生大的转拆变化，而商家军收复南京的计划，也大有成功的机会。
当然现在跨海突袭的行动也可以向各地的商家军公布，以提高各部军队的士气，同时这也是向整个南方宣扬商家军辉煌战绩的大好机会，毕竟这次的胜利不同于以前，商家军攻占的是清廷的旧都。虽然暂时还不知道南方各地的反应，但在江浙一带，商家军的所有部队得知了这一消息之后，也无不欢欣鼓舞，士气大涨。
而商毅也立刻下令，开始实施收复南京的第二阶段军事行动：首先命令长江舰队出击，向淸军的水军发动进攻，彻底封锁南京段长江的江面。
同时又命第三军驻守镇江，第一军和第七军联合出兵，进攻宁国府，第二军也抽调兵力，进驻和州，准备渡江攻击太平府，对南京形成彻底的合围之势。
商家军夺取了镇江府之后，长江舰队就驻汨在仪真到高资镇一带，对南京虎视眈眈。而清军的水师在上一次战败之后，也退守进龙山船场，这时清军在龙山船场里还有一百五十多艘战船，另外在九江鄱阳湖一带，还有约二百余艘战船。不过现在清军的水军都不敢再出击向商家军进攻，而且全部采取守势。但商家军因为等待北方的消息，也沒趁势再发动进攻。
同时商毅和黄震等人经过开会讨论，又下令调海军部第五分舰队进入长江口作战，以增援长江舰队的战斗力。因为长江
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