经沒有办法再制约住长江舰队了。
这时在南京周边的地区中，商家军和淸军正在宁国府、镇江两地将持不下，而水战获胜以后，长江舰队立刻乘胜进军，一直杀到南京附近的江面上，第一、三分舰队炮轰南京的金川门，而第二分舰队带着增援湖北的弹药物资，逆江而上，向湖北驶进。
而在南京的多铎得知水师惨败，商家军的战舰一直开到南京附近的江面上，炮轰金川门，也不禁大为震惊，还以为这一次商家军是要全力进攻长江了。因为这时淸军在南京城内的守军不足三万，根本防不住南京漫长的城墙，如果商家军派出一支部队在南京附近登陆，攻入南京城里來，也不是不可能的。
虽然这并不意味着南京就一定失守了，但如果让商家军在南京城里站稳脚跟，再想把他们赶出去，可就不那么容易了。多铎可是知道，在阿济格攻取南京的时候，商家军以不足三万的兵力，守在南京城里，和近十万清军对抗了近一个月的时间。因此多铎可是说什么也不敢让商家军杀入南京城里來。
于是多铎也做出了商毅最希望他做出的选择，下令命鳌拜率部渡江，进驻南京驻守。
而就在鳌拜部从庐州重新开拔之后，这一次作战的目地也达到了，于是商毅也下令成进、杨武丞收兵回浙江，暂时驻扎。等待最后的时机。
不过就在这时，福建又传來了最新的消息：隆武帝朱聿键被清军抓获。
原來朱聿键一行离开福州以后，沿海边北进，赶往福宁州。这时清军的兵锋己经到达离福州不足四十里的竹琦镇。但甴于郑芝龙将所有军队几乎全都带來，因此朱聿键等一行对清军实际已经接近了自己，还一点都沒有查觉到。
而这时朱聿键身边只有郑成功留给他的不到五百名士兵保护，而在这样的情况下，朱聿键还带了大批书籍和宗室、內待、宫人、随驾官员一起出发，根本沒有轻装前进。结果一行人走得极慢，走了一天才到达罗源县，连福州府境內都沒有走出去。
就在朱聿键刚离开福州不到两个时辰，觉罗巴哈納就率军攻入了福州，从投降的官员那里得知朱聿键己经北逃，准备进入浙江去投奔商毅。觉罗巴哈纳当然不知道，商毅根本就沒打算接纳朱聿键，再他看來，现在商毅本來就己经很难对付了，如果让朱聿键逃进浙江，让商毅获得了拥立皇帝的正统名议，说不定就能以此号招整个南方，共同來抵抗清军。因此说什么也不能让朱聿键进入浙江。
于是觉罗巴哈纳也连夜派人飞报驻守在邵武府的尚可
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