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史可法离开扬州之后，商毅也立刻着手安排江淮的布置。品书网 虽然从理论在来说，现在整个江北都属于商毅的管辖范围，但实际的控制区域其实只有淮河以南，大别山以东的地区。包括凤阳、庐州、滁州、和州、扬州、淮安六府。总面积大约十五万多平方公里。其余的地方，依然都在清军的手里，不过也比商毅现在控制的浙江省大了近一半。
而商毅也作出安排，命刘泽清驻守凤阳、刘肇基驻守庐州。成进驻守扬州、罗远斌驻守淮安。也就是由商家军控制淮东地区、明军接管淮西地区。
因为现在商毅还一口吞不下整个江淮地区，另外这次作战的主战场在淮西，对这一带地区的破坏十分严重，而由余商家军守住了扬州，淮东基本没有受到什么损害，而且以后清军如杲再度南侵，淮西依然还是主战场，因此商毅只能退而求其次，只是把淮东地区先划入自己的实际控制范围。
淮东地区亦可称为苏北地区，实际就是扬州府、淮安府两个府治，但北接山东、南连江南，可以把商毅目前的势力范围连成一片，而且背靠大海，也有利于发挥商家军的海上优势。而另一方面这两个多月以来，商家军在扬州、淮安地区也建立了初步的民众基础，有利于商家军在这里速度建立起统治基础。
扬州府位于长江北岸的出海口，与苏州府隔江相望，而现在苏州府实际也算是商毅的势力范围了，现在江南、江北这两块地区也基本算是连结起来。但目前商家军并没有完全占领整个淮安府，只是控制着黄河以南的地区，淮安府的大部份地区，都还有清军的控制之下，不过由于清军新败，现在这一地区的统制基础十分薄弱，因此商毅的下一步目标就是渡过黄河，发动鲁南战役，收取整个淮安府，打通江淮和山东的连结。
不过江淮之战结束以后，商家军的士兵也十分疲劳，需要进行一段时间的修整，还有损失的士兵也需要补充，而且这一次作战，也需要和山东的商家军配合作战，分从南北两路一起用兵才行。因此商毅也决定，命各路人马暂时休整十到十五天的时间，然后再发动这次战役。
而在休整的同时，商毅也下令到登州，招周少桓到淮安，和自己会面，一方面商议一下两路用兵的计划，另一方面也想详细了解山东战区这几个月以来的发展情况；又命令第五师返回江南去驻扎，第一、三、四师留在江北，一面休整，一面备战。并且又通知杭州的叶瑶和周士奇，马上安排调动一批行政人员过去，要在扬州和淮安建立起商家军的
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