兵队拥有抓捕、审问、处罚的权力同时商毅在规定，任何士兵都不得与宪兵队发生冲突，必须服从宪兵队执行任务，否则都按违纪处理
情报处的作用就是刺探敌人內部的信息、秘密等，除商家军以外，其他任何势力都将是情报处工作的对像，目前商家军己经开北京、南京都建立起情报网络，以后还要逐渐扩大到所有大型城市去情报处的负责人是吴汉生
安全处的功能正好和情报处相反，他是对内的机构，就是保证商家军内部的安全，甄别和抓捕敌方的情报人员，阻止敌方人员在商家军控制区内的破坏活动
现代人对这两个机构都不陌生，就趸特工组织，在后世的许多国家，这两个机构实际都合二为一了如美国央情报局、俄罗斯的克格勃，当然还有著名的007而这个时代令人闻风变色的锦衣卫，也属于这类机构只不过锦衣卫的名声太坏了，商毅也不打算使用，还是自己另起炉灶，陪养属于自已的特工人员
商毅在穿越之前，虽然只是特种兵，不是特工，但有许多任务，特种兵都要和特工密切配合，也和特工一起进行过多次交流和反恐演习，并且也一同执行过几次任务，因此商毅对特工的训练方法和工作方式也有相当的了解，因此也定下几条用人标准，让周琦和吴汉生马上去招募一些人员来