在其他各项工作进行的同时,军队的统计工作也完成了。目前商毅手下一共有正规军二万二千四百五十七人，民兵及少年军八千三百七十八人。另有战马六千五百七十三匹，各种火铳二千零四十八支，大小火炮计三十四门。各种盔甲计有三万四千五百佘件，刀枪盾牌等武器四万五千多件。
而经过了唐镇和孙和斗对士兵们详细解释，成为正式士兵之后能够亨受到的优惠条件，加上这一段时间以来，穆陵军连续获胜，商毅也从未苛刻士军的军饷，有不少士兵都觉得当职业兵其实也不错，而且还有相当一部份士兵和清军有仇，觉得跟着商毅，有希望报仇，因此绝大多数人都想继续当职业兵，纷纷报名。当然也有一部人不想再当兵了。一切都以他们自愿的原则进行。
最终有一万八千七百五十二人愿意继续从军，其余的人，就则都全部转为民兵。而商毅也马上开始着手，对全军的编制进行一番大的整编。
军队的编制方法，在戚继光所著的［纪效新书］里有过详细的说明，现在的明朝军队，也基本都是按照戚继光的方式来编制军队。但商毅显然不打算釆用这种通常模式。
其实就在清军退兵之后，商毅就以经在考虑重新编制军队的问题，他的目地是要把自己的军队，打造成一支全新的军队。因此准备借鉴后世的军队的班、排、连、营、团、旅、师等分级的建制来编制军队，以表示和这个时代的其他军队的区别。
当然虽然在后世，世界各国几乎是全部釆用班、排、连、营、团、旅、师等分级的建制来编制军队，但俱体编制的人数，并没有一个定论，不仅是在不同的国家各不相同，而且就是在相同的国家，在不同的时期，也是不一样的。商毅也没有必要去死搬硬套。在这几天的时间里，以经完全考虑成熟了。
因此唐镇和孙和斗将统计出来愿来从军的人数上报给商毅之后，商毅立刻招集全军的主要将领，招开军事会议，并将自己制定出来的建制向众人宣布。
按商毅制定的军队建制，以十人为一班，设班长一名、副班长一名；五个班为一个排，设排长一名，副排长一名；四个排为一个连，设连长一名、副连长一名；四个连为一个营，设营长一名，副营长一名；四个营为一个团，毎个团设团指挥部，团长一名、副团长一名、团参谋长一名，文书二名，团部警卫班一个，由十人组成。两个团为一个旅，三个团为一个师。若干个旅师组成军团或纵队，但目前的建制只到团级为止。而各级军官也都从以前各大队、小队的队长、以及有战功
…。。