收到了曾化龙的来信之后，商毅想了一下，终于还是决定，接受曾化龙的命令，率兵去救援兖州府。
一方面是因为自己现在毕竟以经是朝廷的官员，虽然现在明朝政府对地方的控制力度以经大不如从前了，但商毅现在还是羽翼未丰之际，并没有和朝廷叫板的实力，因此还是老老实实听话为好。而在另一方面，商毅对曾化龙的印像很好，而且无论如何，也是他把自己提拔起来的，于理于情，也应该去帮他一把。
同时现在商毅对这些流寇也有了一定的了解，只要不是李自成或张献忠的人马，基本都是乌合之众，虽然这支流寇的人数要多一些，但救援兖州府却是有城墙可守，因此也并不难对付。一般来说，流寇不会在一座城拖延太久的时间，如果十天左右取不下来，就会主动撤退。即使是实力最强的李自成，三攻开封时，第一次只打了五天就撤了。因此救援兖州府，最多挨到十二冃上旬就可以了。
当然商毅也决定，一但拖到了十二月中旬，说什么也要从兖州府离开，因为清军马上就要打过来了，他可不打算在兖州府与淸军决战，一切还是以保存实力为主。
决定以后，商毅立刻又招集唐镇和另外九名把总商量。唐镇自然也知道，救援兖州府是非去不可，因此也支持商毅的决定。而其他人有的明白，也有的不明白，不过他们都是唯商毅马首是瞻，既然商毅同意出兵，也就都不反对。
出兵的事情决定下来了之后，商毅就立刻开始着手准备，现在穆陵关的工程还远没有结束，因此也需要一个得力的人在这里盯着，那么这一次出兵，唐镇也就不出战了，由他留守穆陵关。
而人马也不能全都带去，这里还要留一部份看守。因此商毅决定，带第一队、第三队、第四队、第七队后全部人马，第六队和骑兵队、侦察队只带一半，也就是原来的老兵。共一千零五十人。同时又带上一个少年队，付责看守和押运粮食。这样总计是一千一百六十二人。
同时商毅还考虑到，虽然按明朝的规定，移师到驻地三天之后，就由当地供应粮食，但在这个时候，兖州府里有多少粮食，够不够供应还很难说，还是自己带些粮食，以防万一才好。因此也决定，随军携带八百石粮食，这是足够全军食用二十天的粮食。同时也动用了八十辆驴车，五十辆用来拉粮食，十五辆拉马驴的草料，十五辆装载其他物资。
并且在商毅出发之后，也从王家大屯过所有主力团的人马都拉到穆陵关来驻扎。安排决定之后，唐镇也觉得商毅考虑得十分周全了。
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