关部门执行了旨意、奏章之后，方才注销。
如果按照会典上的规矩，六科对于制敕宣行，大事覆奏，小事副署颁行；有过失的，可以封还执奏。
凡内外所上章疏下，分类抄出，参署付部，驳正其违误之处。有这两套免疫系统同时运作，已经足以保证政体的稳定和健康。
在地方上，有都指挥使司掌地方卫所军权，隶属于五军都督府，听命于兵部；提刑按察使司掌一省司法——徒刑以上案件要呈报刑部审理，同时也要监察官员，是都察院在地方的办事机构；承宣布政使司掌治下民政，受吏部考核，执行中央六部的各种政策。
这三者分立互不统属，又都受到都察院系统的巡按御史监督。以朱慈烺来看，这已经是当下这个时代最完备的制度了。
后世常见的
“三权分立”和
“一政独大”之争，在明代一样有政治实践：只需要看内阁争权和巡抚、总督制度的废立就可以知道。
这么好的制度，为什么会闹出今曰的烂摊子？朱慈烺认为，这跟内阁和皇帝有直接关系。
万历皇帝不上朝并不是问题，问题在于他不补官。大量没有受到锻炼和培训的官员，在天启、崇祯朝走上了政治舞台，既不懂帝国的运作模式，也没有经过政治考验加以淘汰，甚至无法理解政治就是妥协的艺术，最终酿成帝国崩塌的事实。
内阁在成功**之后，从一个秘书机构变成了帝国真正的首脑，权力比唐宋宰相有过之而无不及。
如果他们[***]了，那么整个帝国的政治体系势必跟着[***]。
而崇祯一朝的内阁[***]庸蠹，也是有明一代最无以复加的。为何在前朝没有发生这种事？
因为天启、崇祯之前，要入阁只有两条路：廷推和中旨。直到万历后期，中旨入阁仍旧被视为耻辱，文官轻易不肯接受。
这就多了一层过滤体系，保证内阁阁员具有对行政部门的足够影响力。
天启时候魏忠贤左右皇帝，大开中旨入阁之路。到了崇祯皇帝，换阁老如换仆从，后来甚至取消了廷推，直接发中旨。
这样出来的内阁阁老，对六部和地方能有什么约束力？释褐十多年就入阁的神话，也只有发生在崇祯朝。
所以归根到底，责任仍旧是落在了皇帝身上。
“万历一朝，直到沈相公一贯执政，吏治都还算过得去。”李遇知继续道：“后来国本之争闹得太凶了，神庙老爷不上朝
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