比起这些琐事，选课的自由就成了更大的障碍—全校的课你都能听，但到底听什么。
在北大，本科课程计划主要分为两块：专业课和通选课。一般而言，专业课难度胜过通选课一筹。按照设想，任何一个元培学生读大二、选定自己的专业方向后，之前选修的其他院系的课程都可替代通选课课程，修满学分即可毕业。
对学生来说，诸如此类的规定无异于“自由待遇”外的枷锁：根据兴趣选课，一旦考试成绩不理想，选专业时就会丧失一定的自由。
不少元培“过来人”，亲历了向“不自由”妥协的过程。北大03级元培法学方向学生张琬婷告诉记者，在元培实施的最初几年，绩点并不是一件被看重的事，“02、03级的学生大多数都是按自己的兴趣选课，选难度大的课在当时是一个趋势。”但此后，绩点导向就越来越重。
“绩点”标准的存在仍令学生们选课放不开手脚。
周文杰，2008年考入元培学院，现任北大13级元培学院班主任。他观察到的情况是，学院里凭兴趣广泛选课的学生越来越少，许多新生一入校计划性就很强。比如，大一第一学期，13级的新生选课集中于经济、管理、数学、政经哲等领域，没有学科跨度特别大的选课。
许崇任解释，元培和各个院系的最大不同在于，传统的专业院系可以不假外力地自我发展，而元培则经常需要学校在背后推一把，不断制定适用于元培的各项特殊政策。“教授需要做研究，需要自己的研究生，那就必定要依托专业院系，光靠元培单方面没有能力办到。”
周文杰坦言，元培学院为学生提供的“自由”，从某种意义上说仍是一种“消极的自由”。“学生们要在完全不明白这专业是怎么回事的情况下，冒着风险去选课程，而且还得判断这些课程能否触及专业核心问题。”尤其对新生们而言，心理压力一下子就上来了。
不久前，北大bbs上的一个帖子“火”了。发帖者称，他提出了延长学制的申请，结果被学校教务处驳回，耽误了他的保研计划。
不久前，北大bbs上的一个帖子“火”了。发帖者称，他提出了延长学制的申请，结果被学校教务处驳回，耽误了他的保研计划。
这名学生是元培10级的吕伟聪，在修完数学专业课程后，他希望能进行数学与计算机学科的交叉学习，因此申请延期。按照元培的教学计划，学生享有弹性学制，可于3至6年间完成本科教育。可学校教务不予延期的理由是
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