组织指挥小部队。而在这些武官之上具有战区指挥权的却往往是朝廷派出的文官担任的“提督”、“总督”、“经略”。
清朝入关后，八旗兵军官序列相当高，各旗都统为从一品，各地驻防八旗的将军也是从一品（原为正一品，乾隆时期改为从一品）。具有指挥某城八旗全权的副都统，为正二品。以下有总管（正三品）、副总管（正五品）、城守尉（正三品）、防守尉（正四品）、参领和协领（从三品）。绿营兵军官序列则沿袭明末惯例，以提督（从一品）为最高级别军官，以下为总兵（正二品），副将（正三品），以及参将（正三品）、游击（从三品）、都司（正四品）、守备（正五品）等级别军官，基层军官“千总”（从六品），“把总”（正七品），级别也很高。
总的来说武官的级别与明代相当，但是比较注意协调与文官序列的地方行政官员的级别关系，一般尽量做到平级。也和明代一样，清朝统治者一般尽量避免委派武官为一个大的战区的指挥官，而是习惯于从朝廷派出文官来指挥战区或军区。
清初已形成惯例，几个省组成的大军区由挂朝廷右都御史衔的总督（从一品）来指挥，省军区则由挂朝廷兵部右侍郎衔的巡抚（正二品）来指挥。理论上而言，总督与提督平级，巡抚与总兵平级，但实际上这些武官见了总督、巡抚都要下跪行参见礼。即使在地方也是如此，把总见平级的知县，也不可平礼。