复迁昆明，钱穆则借住宜良北山岩泉下寺一别墅，后移居寺中，撰著《国史大纲》。通史课程，前在北平讲授四年，迁来昆明后又两度讲授。每周四、六晚间开讲，二百余座的大教室挤得满满的，来自校内外的学生或席地，或依壁，或据窗台，或倚窗外，盛况又过北平时代。国人民族意识高涨，加上钱穆学养深厚、史识卓拔，才思敏捷，擅长讲演天才，感染力强，故讲者听者易引起共鸣，极一时之盛。
钱穆于１９３９年暑假携《国史大纲》书稿至香港交商务印书馆。当时规定，书籍著作要经政府审查后方可出版。钱穆这类书，要经审查并依指示修改后呈请再审查，才能付梓。钱穆坚持己见，最后几经周折才于１９４０年６月按原稿出版。是书引论被学林推重为“近世大文章”。引论指出中国传统文化、政治、社会、学术思想，有其独立发展之系统，与西方文化发展过程不同。他主张吸收、融合世界各国文化新精神以求变求新，但必同时致力于发掘中国文化系统的独特性，对中国文化的生命力抱有无比坚定的信心。他致力于重建中华人文精神，重建中国人对中华民族的感情和对中国历史的尊重，坚信中国文化调整和更新的动力与前景必来自先民所贻的文化系统的内部，希冀“能于国家民族之内部自身，求得其独特精神之所在”，作为“国家民族永久生命之泉源”。钱穆痛切警告：国人懒于探寻国史真谛，而一意据他人之说，肆意破坏，轻言改革，则自食其恶果。全书八编四十六章，共五十余万言，以民族文化意识贯通全书。其章节标题点醒各时代特征及变化，充溢着历史智慧与创识。“春秋战国民间自由学术之兴起”、“西汉文治政府之演进”、“东汉士族之新地位”、“魏晋南北朝之门第”、“田制”、“兵制”、“宗教”、“唐代之政治机构与社会情态”、“北宋士大夫之自觉与变法运动”，以及“唐以下南北经济文化之转移”等各章最为精卓。钱穆对历史问题的研究，鞭辟入里，由小到大，由点到线到面。如田制，他能将西晋占田、北魏均田到唐代的租庸调，由租庸调到两税法，合成一个整体，且对别人不经意的每一个细微末节体现出他的春秋笔法、史学精神。钱穆的许多论断都有重大启发性，能使读者举一反三。如论春秋战国大势云：“文化先进诸国逐次结合，而为文化后进诸国逐次征服；同时文化后进诸国，虽逐次征服先进诸国，而亦逐次为先进诸国所同化。”徵之此前此后，如商灭夏、周灭商、北魏南侵、辽金侵宋、清灭明等，征服者在文化上被征服、被同化的事例，屡见不鲜，而在此过程中，华夏
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