东汉的中央政府，还是以三公九卿组织而成的。但在新皇帝即位之时，则以太傅或太尉录尚书事，总揽政务。光武躬政，以尚书台总领纪纲，职无不统。御史台也合并在少府下面。侍中在西汉本是加官，到东汉设立侍中寺，献帝时给事黄门也并入侍中寺，成为少府下面的一个机构。西汉时，有太师、太傅、太保，称为上公，而东汉则仅有太傅一人，也称上公。每当新皇帝即位，辄置太傅录尚书事，总揽朝政。录尚书事这一官称创始于西汉。上公之下是三公。东汉以太尉、司徒、司空为三公。太常、光禄勋、卫尉三卿，太尉所部；太仆、廷尉、大鸿胪三卿，司徒所部；宗正、大司农、少府三卿，司空所部。东汉九卿之长均加“卿”字，其秩皆中二千石。东汉又有各级将军，也是中央要员，比公者四：第一大将军，次骠骑将军，次车骑将军，次卫将军，又有前后左右将军。大将军位在三公之上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公之下。前、后、左、右将军，位在上卿之下，不常置，东汉中期以后，太后临朝称制，外戚执政，常假借兵权以自重。于是，大将军便成为中央的主要官员了，并与太傅三公合称为五府。
东汉的地方官，仍沿袭西汉旧制，分封王、侯与州、郡、县双轨置。东汉划天下为十二州，每州置刺史1人，其首都所属之州，设司隶校尉1人，司隶校尉属吏有从事史12人；都官从事，主察举百官犯法；功曹从事，主州部选署官吏及一应事务；别驾从事，凡校尉巡察州部时，则奉引，并录众事；簿曹从事，主财谷簿书。如有军事，则置兵曹从事，掌兵事。此外，还有郡国从事，每郡国各1人，主督促文书，察举非法。皆由州自行辟除，通为百石。又有假左25人，主簿录阁下事，省文书。门亭长掌州正门。门功曹书佐掌选用。《孝经》师主监试经。《月令》师主时节祠祀。律令师主平法律。簿曹书佐主簿书。每郡国各有典郡书佐1人，各主一郡文书，以郡吏补用，每年换一次。司隶校尉所部之外的十二州，建武十八年（公元42年）改州牧为刺史。刺史常以每年八月巡察所部郡国，录囚徒，课殿最。西汉的刺史，本是中央派遣的一种视察官，他们的任务是周行郡国，刺探政情，年终回京复奏，原非固定的行政官吏。但到东汉时，刺史已有一定的治所和自己的衙门，每年遣吏向司徒府汇报。西汉旧制，州牧奏二千石长吏不称职者，皆先下三公，三公遣掾史案验，然后黜退。东汉光武不任三公，权归刺史，有所劾奏，便加黜退，刺史权威愈重。其属吏皆有从事史，假佐，人员与司隶略同，但无都官从
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