忠心不贰的份上，为其亡故之子报仇雪恨，宦官对于李膺处处与他们作对之事，早就心怀不满，欲要施以惩戒。于是，宦官一党遂让张成弟子牢修上书，诬陷李膺等人养太学游士，交结诸郡生徒，结党营私，诽讪朝廷，扰乱民众。从此，士大夫与宦官间的矛盾就此爆发。
桓帝闻言，当即大怒，遂诏告天下，逮捕并审理党人。御史中丞陈翔、太仆卿杜密等重臣及陈寔、范滂等士人皆被通缉。太尉陈蕃知道这是宦官之奸计，遂以“罪名不章”为由拒绝发布署诏书。宦官见桓帝颁布的诏书，因为没有太尉的批准无法生效，便向桓帝进言，跳过司法程序，直接让宦官负责的北寺狱审理此案。李膺、陈寔、范滂等人慨然赴狱，受三木酷刑（他们的头颈、手、脚都被上了刑具，叫做“三木”，然后被蒙住头一个个拷打）在狱中关押了一年多而不改其辞。
司隶校尉李膺等二百余人受诬为党人，一并犯罪被监禁，这些人大多是天下名士，民间所认同的“贤人”。度辽将军皇甫规以没有名列“党人”而被捕为耻，上书“臣宜坐之”，要求桓帝连自己一块儿治罪。桓帝没有理他。陈蕃再度上书，以夏商周三代之事劝谏，言辞激切，桓帝嫌他多嘴，以陈蕃提拔的人才不好的罪名免去了他的太尉一职，改以光禄勋周景为太尉。司空刘茂深谙“皮之不存，毛将焉附”的道理，也连同一批士人，向皇帝进言，请求赦免士人官吏的罪责，可惜桓帝此时已经彻底被宦官所迷惑，大权也大多掌握在宦官的手中，不久，司空刘茂便以协同之罪被罢免，改以光禄勋宣酆为司空。
后来桓帝窦皇后的父亲槐里侯窦武同情士人，上书求情。
桓帝闻言，心中暗想，此事大可就此为止了，因为朝中反对宦官的大臣几乎全部遭到打压，物极必反，没有必要激起他们全部的变动。而宦官虽然好用，但如果权力太大，则非社稷之福。
永康元年（公元167年）六月庚申日，桓帝颁布诏书，大赦天下，全部免除党锢的罪。