将三十余万人，在修筑新道灵渠过程中，更投入不计其数的民夫，再加上战争中所耗费的资源，秦朝国力损耗严重。同时为防止百越反抗力量死灰复燃，秦朝在百越地区投入不少军事力量，此举也严重地限制了秦朝的军事部署，使得秦朝末年没有足够军事实力镇压起义叛乱。在秦朝末年叛乱时期，在赵佗的控制之下，百越地区的三十万秦军都无任何动静，可以说这有其本人的私心，但另一方面也极大程度上加强了对百越地区的控制。
秦三征百越，终究是利大于弊的，自百越地区被划入秦朝版图后，后续历朝历代越来越重视百越地区，到了汉朝，整个百越地区都划归于九州中的扬州。东汉未年改置交州，晋朝重新将划属扬州，南汉后又划属交州。此后百越地区长期置于扬州与交州州域，真正融入了中华民族，为中华民族的发展提供不可忽视的巨大贡献。