制一职连续空缺三年。
直至弘治十四年九月，因北方蒙古部落毁坏花马池边墙，抢掠固原、安会等处，兵部推举户部尚书秦纮总制陕西、固原等处军务。弘治十七年，“适虏贼不住套”，因此秦纮召回户部。
此后，总制一职便开始视边情缓急而设。例如弘治十八年，蒙古部落又在花马池北柳杨墩处毁坏边墙，攻陷灵州清水营堡，再度抢掠固原、安会等处。
为此，正德元年任命杨一清为总制，负责管辖陕西、宁夏、延绥。正德十年，陈天祥以提督身份统管陕西三边军务。此后，陕西三边间或由“提督”管辖军务。同年五月，时任提督陕西三边军务彭泽乞休致仕后，陕西三边军务官职再次空缺，这次空缺时间长达五年。
直至嘉靖元年，总制陕西三边一职才再次出现，由兵部左侍郎李钺担任。李钺就职总制一职，其任务是为了处理亦卜剌侵扰一事。
嘉靖二年，“上以陕西事宁，取钺还朝”。嘉靖三年十一月，吏部右侍郎孟春奏设总制大臣两人，一人总制宣府、大同，一人总制陕西三边。
此次陕西三边总制的奏设，主要是为了及时防御吐鲁番的入侵。同年十二月，又将陕西三边总制改设为提督。嘉靖七年八月，总制陕西三边正式确立。嘉靖十五年，将陕西三边总制改名为总督。
自此之后，陕西三边总督负责管辖陕西三边四镇的军务。由此可见，总制陕西三边，自弘治十年初议，至弘治十四年开始成为定制。
在这一时期，总制陕西三边的任务主要是为了防御蒙古部落的南侵。期间，总制陕西三边一直常有空缺，一旦北方蒙古部落大举南下，三边防守告急，朝廷便立即选任总制，集合四镇兵马以作防御。
而当蒙古军队暂时撤退，三边军情稍缓，总制便立即回京复职。而弘治十四年至正德三年间，总制陕西三边大臣管辖范围一直未涉及甘肃镇。
甘肃镇一开始并未加入陕西三边防御区，这与蒙古入侵河套的路径相关。
就整个陕西三边四镇而言，地处西陲的甘肃镇并非是重点防御区。总制陕西三边大臣、三边总督的防守重点最初也集中在花马池一带。因为其地是蒙古部落入侵陕西三边的一个重要入口，所以有规定“三边总督于五六月间，亲临花马池调集延、宁奇游等兵赴平虏城等处并力防御”。
此时，甘肃镇在整个陕西三边军事防御区中处于配角，主要的作用不过是援助陕西、延绥、宁夏三镇。直至正德四年，由于经甘肃镇叛逃，占据
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