身为首辅，沉一贯自然不会允许东林党壮大崛起，甚至威胁到自己的浙党。因此，他开始积极打压东林党，主动引发了一系列的党争。
在此期间，以吴亮嗣等人为首又结成了楚党。而一些山东籍的官员也不甘心被边缘化，遂暗中串联结成了齐党。当然，由于沉一贯的权势和拉拢，楚党与齐党基本上是依附于浙党而存在的，合称为“齐楚浙党”。
除此以外，当时还有“宣党”和“昆党”等许多不知名的小党派，也为了各自的利益而攻斗不已。
在诸党的相互和相互诋毁下，大明朝的朋党问题空前激化，相互之间只有利益之争，再无民生和国政可言。这种党争现象绵延数十年而不息，从此朝野再不安宁，直接加速了大明的灭亡。
万历三十四年，沉一贯亲自主持当年的京察，竟然以权势压人，堂而皇之的庇护浙党势力，公然打压其他的党派和异己，立即就引起了满朝的公愤。御史孙居相等人联名弹劾沉一贯，而其他各个党派也在暗中推波助澜，使得这次弹劾声势震天。
据《明史》记载：“一贯归，言者追劾之不已，其乡人亦多受世诋云。”
为了躲避风头，沉一贯只得主动告病乞退。归乡后的沉一贯索性闭门不出，再也不问时政，安享了十年的闲适生活，不断着书立说宣传自己的理论。
万历四十三年，沉一贯在家中过世，终年八十四岁。皇帝闻讯，下旨追赠其太傅衔，赐谥号“文恭”——所以一直说朱翊钧是个明白人，瞧瞧这个“恭”字就知道了嘛。
以上是沉一贯为相后争议较大的几件事，其余当然还有很多，如楚王桉等等，影响也都不小。哦，对了，楚王桉说起来还是直接导致沉一贯与沉鲤一同倒台的关键桉子，不过此事要说清楚比较复杂，此处便不赘述了。[注：楚王桉也称楚宗桉，有兴趣的读者可以自行查阅。]
虽说沉一贯在这些事件中的作用在后世往往被论罪，但其实高务实认为他最大的问题还是其中“媚上”和“结党”两条。
可能有人会说，封建王朝的皇权至高无上，不媚上焉能成事？他沉一贯媚上，你高务实就不媚上了？但其实，这里还真有很大的不同。
不同在哪？在于“媚上”是手段还是目的。
高务实作为当今大明朝臣之中最受皇帝信重的臣子，他当然是在绝大多数时候都与朱翊钧站在同一立场上的，但他这样做本质上是一种手段——是为了先获取皇帝信任，通过圣卷获得权威，然后才得以施展自己的政治
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