的根本区别。
军属卫所，由小旗、总旗、百户、千户、卫指挥使、都指挥使，上而至五军都督府统辖。卫所军及官世袭，仅五军都督府官及都司不世袭，为流官，由世职卫所官及武举选授。卫所军及官属军籍，携带家属，世居一地，并代代相传，基本上不再变动。
每一卫所的驻地固定，军士数额固定，将官设置亦有定例。总之，卫所制下权力分散，兵将分离。但景泰以后，兵部权力上升，兵部尚书总督军务，夺五府之权，五府官变动虚衔。
兵属营，由什长、队长、哨官、把总、守备、都司、游击、参将、副总兵、总兵统属，直属兵部。兵一般不世袭，但由卫所军转为兵者例外。兵无户籍的规定，兵服役期限不长，一般不终身服役，多战时创设，事毕汰兵撤营，但在重要的军事防御卫则常川戍守。营兵不随家属，更接近现代兵制。
营伍官无品级，有者则是卫所制下的官品，无定员，不世袭。营兵与营将相习，战时不需要朝廷任命，直接由总副参游统带出征。将权相对提高后，兵可由将自行召募，召者与被召者关系密切，甚至在主将发生变故时，兵即散去。
军与兵在饷给形式及数量上也不相同。军饷由屯田解决，屯田废坏后，补以盐课及民运，后亦部分取给于京运年例。而兵之粮饷全数取足于京运年例银，或加派之新饷。数额也不相同，兵有安家、马价、衣装、器械等银，月粮也较丰厚，而军只有月粮，战时或出征时才有行粮。
军与兵在使用上也不相同。兵渐渐取代了军的作用，兵主战，军主守、主屯。“兵御敌而军坐守，兵重军轻，军借卫于兵，壮军乃复充兵”。
当然，兵并没有彻底取代军的地位，卫所制一直伴随大明直到灭亡。鞑清初年改卫所军为屯丁，部分保留了漕军的职能，卫所作为一个军事组织才彻底消失，而卫所作为一个地理单位而行政管辖机构取消的时间则更晚。
明营兵制与卫所制官职常有同用之情况。一般(不很严格)地说，总兵、副总兵由公侯伯等勋臣及都督等官充任，参将、游击多由都指挥使等官充任，守备、把总则由卫指挥及千、百户充任。
讲明了这些，“佥事”这个一般作为“军”制度下主管武将副官之副官的地位就比较明确了。换句话说，它是一个卫所的“三把手”——当然实际上未必排行老三，因为一般的卫设一名指挥使，两名指挥同知，四名指挥佥事。
由于大明武将品级一般较高，所以卫指挥使为正三品，指挥同知为从三
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