大铖进京递补。
结果，因为东林大佬、吏部尚书赵南星及杨涟等和左光斗发生内讧，殃及阮大诚，使之不能递补吏科都给事中，而是由另一东林干将魏大中补任。
为了弥补阮大铖，事后，东林党的大佬们便将阮大铖补为工科都给事中，按六科排行，吏科第一，工科最后。
从第一一下变成倒数第一，阮大铖不服气了。这个时候二叔九千岁出现了，他老人家识人用人，不以门派之见干扰国事，不以党争误人材，所以帮阮大铖补了吏科都给事中。
这样一来，二叔却是好心帮了倒忙，阮大铖可是东林党人，你九千岁帮他升官是闹哪出呢？
于是，阮大铖一下就成了东林大佬眼中的“叛徒”，当时二叔还没有彻底压制东林党，朝政大权都在东林掌控中，阮大铖这官哪能做得下去，未及一月就弃官逃回老家了。
也就是此事，让阮大铖彻底和东林党决裂。在崇祯一朝，也始终被东林党压制，始终未能出仕。
不过幸运的是，阮大铖成功从崇祯定下的逆案中脱身，崇祯年间虽没有出仕，但甲申年间靠着马士英的举荐先为弘光朝廷的兵部右侍郎，后晋兵部尚书。
当了大官的阮大铖真是够义气，上任干的第一件事就是替二叔及以二叔为核心的阉党平反。
通过编著《蝗蝻录》、《留都防乱公揭》，阮大铖对东林、复社诸人大行打击。结果没想到，东林党不跟他文斗，直接和左良玉勾结，要通过武装政变发动“清君侧”。
好在左良玉走到半道病死了，不过阮大铖的官也当到头了。同年，扬州城破，南都文武在守备勋戚的带领下向满州投降。
阮大铖没有降清，而是和马士英一同逃离南都，继续抗清。后清军进渡钱塘江，得知马士英因为抗清在太湖地区被满州人抓获，剥皮实草制成“人杆”示众后，阮大铖痛不欲生，遂在清军进攻时投崖殉国，后尸体被清军找到，当众戮尸。时天气炎热，大铖尸体溃烂，生满蛆虫，却无人敢收敛，不知埋在何处。
纵观其一生，虽和马士英一样被世人视为小人，明明是殉国而死，偏成了汉奸，这无疑是个悲剧。
较马士英之死更荒唐的是，明明是殉国而死的阮大铖竟然还被东林党人编起了故事，说什么老当益壮，主动请求随清军南下，又说福建全省一听他的名字就能投降，更和清军比拼体力，爬山时主动在前面，结果爬着爬着突然僵死什么。
活灵活现，如在现场亲眼目睹，连当时的表情
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